Эльмар Гусейнов родился 17 июля в 1967 году в городе Баку.

В 1983 году окончил среднюю школу N 234 Азизбековского района и в тот же год поступил в Азербайджанский инженерно-строительный институт по специальности инженер-гидротехник.

В 1985-87 годах проходил службу в рядах советской армии. Некоторое время работал по специальности: в Азербайджане — на строительстве Худаферинской ГЭС, в России — на строительстве Богучанской ГЭС.

В начале своей журналистской деятельности Э.Гусейнов был приглашен в газету «Зеркало», работал редактором в еженедельнике «Алвер». В 1996 году Э.Гусейнов основал информационное аналитико-экономическое агентство «Тренд» и общественно-политический журнал «Монитор».

Весной 1998 года Бакинский городской суд по обвинению Гусейнова в «оскорблении азербайджанской нации» наложил на «Монитор» штраф, размер которого не позволил продолжить выпуск журнала.

В августе 1998 года Эльмар Гусейнов стал учредителем еженедельной газеты «Бакинский бульвар». С ноября 1999 года Эльмар Гусейнов издает еженедельную газету «Бакинские ведомости», выпуск которой был прекращен после восьмого номера.

В феврале 2000 года Гусейнов становится главным редактором нового еженедельного журнала «Монитор weekly».

4 сентября 2000 года судебным решением был закрыт еженедельник «Бакинский бульвар».

С апреля 2002 года Эльмар Гусейнов вновь стал выпускать журнал «Монитор» сначала в ежемесячном, а затем в еженедельном формате.

Эльмар Гусейнов неоднократно получал различные премии, признавался лучшим журналистом, лучшим редактором. Против него неоднократно возбуждались уголовные дела, звучали угрозы, применялись судебные санкции, вплоть до тюремного заключения. Несмотря на предложения иностранных государств о предоставлении политического убежища, Эльмар Гусейнов остался в Азербайджане и продолжал свою профессиональную деятельность. Последний номер журнала «Монитор» вышел 19 февраля 2005 года.

Вечером 2 марта 2005 года Эльмар Гусейнов был убит четырьмя выстрелами в подъезде дома в Баку, где он проживал со своей семьей. У Эльмара Гусейнова остались жена и маленький сын. После смерти журналиста его супруга с малолетним сыном эмигрировала в Норвегию.

Эльмар неоднократно повторял: «Нас можно убить, но запугать — никогда!» Но, скорее всего, сам до конца не верил в такую возможность. Супруга Эльмара в ночь трагедии сказала собравшимся у подъезда их дома людям: «Он принес себя в жертву ради нашей и вашей свободы».

Заказчики и исполнители его убийства до сих пор не найдены, хотя следственная группа  турецких спецслужб по горячим следам установила имена убийц и представила информацию об этом высшему руководству.

Власти выдвинули свою версию убийства, согласно которой киллеры – это  граждане Грузии азербайджанского происхождения. Однако по неясным причинам, их никто не задерживает.